El territorio del Parque fue habitado por la tribu Los Yacuas, los cuales en la época de la Conquista, luego de ser sometidos, fueron llevados en su totalidad a los sitios de adoctrinamiento que había entre el poblado de Timaná y el sitio donde se fundaría Pitalito en 1819. Andakí era el nombre con el que se conocía a los indígenas del suroriente del Huila y occidente del Caquetá, cuyo territorio se extendía sobre la cordillera Oriental desde Garzón hasta los limites con el Cauca. La zona aledaña al Parque se empezó a poblar en 1921, con indígenas que habían llegado a San Agustín, procedentes de los Resguardos del sur del Cauca y norte de Nariño, después de la guerra de la independencia.