El Parque tiene ecosistemas que albergan una gran variedad y número de especies vegetales; entre éstos sobresalen el matorral espinoso y los bosques secos, húmedos y nublados. El bosque húmedo, hacia el sector este del Parque, permanece exuberante y verde todo el año y el bosque seco del área protegida es uno de los mejores conservados del país. Los ecosistemas marino costeros consisten de fondos arenosos, formaciones coralinas, lagunas costeras, litoral rocoso, playas arenosas, praderas de pastos marinos y manglares.
Marino-costeros: manglares, lagunas costeras, madre viejas, playa, litoral rocoso, arrecifes de coral, praderas de fanerógamas, fondos sedimentarios.
Actividades de buceo a pulmón en Playa del Muerto “Playa Cristal”, Granate y la Piscina Natural Tayrona. En Isla Aguja y Granate se puede practicar el buceo autónomo y se pueden hacer caminatas, con posibilidad de observación de aves, pequeños y medianos mamíferos o simplemente disfrutar de la belleza escénica, en Cañaveral y Arrecifes.
Las actividad ecoturísticas también se puede realizar en el sector de Bahía Concha en las Playas Waikiki y Bonito Gordo, tomando transporte de lancha desde la playa principal de Bahía Concha.