Localización: Ubicado a 330 Km del territorio continental colombiano, al oeste de Buenaventura, en el Océano Pacífico.
Creación: año de 1995
Extensión: 974.474 Hectáreas / Resolución No 1589 del 26 de octubre de 2005 Circunferencia de 25 millas náuticas con centro en la Isla Malpelo. El Santuario tiene una extensión protegida de 3,5 km2 de área terrestre y de 6500 a 8000 km2 en su área marina.
Altura: 0 -376 msnm
Clima: Cálido
Temperatura: 25oC
Declarada Patrimonio Natural de la Humanidad por la UNESCO en el año 2006. En el 2002 se reconoce como Zona Marina Especialmente Sensible ante la OMI.
La isla de Malpelo es la cúspide de una única cordillera volcánica submarina, llamada Dorsal Malpelo. La cordillera marina que se extiende en sentido NE-SW tiene una longitud aproximada de 150 millas y un ancho de 50 millas.