La Reserva Nacional Natural Nukak se localiza en el Departamento de Guaviare, en jurisdicción municipal de San José de Guaviare, El Retorno y Miraflores (0,4%, 72,2% y 27,4% respectivamente, del área), entre las coordenadas 1° 25' 56'' a 2° 23' 58'' N y 70° 46' 13'' a 72° 12' 42'' Oe. En general, está delimitada de Occidente a Norte por el Caño Tigre y el río Inírida, al Oriente por el río Papunaua, y al Sur por el Caño Aceite, el Caño Bacatí y el Caño Guaracú.